Главной миссией филиала МГУ в «Национальном центре физики и математики» г. Сарове является создание передовой образовательной, научно-исследовательской и инновационной инфраструктуры, продвижение новых знаний в разных областях физики, математики, вычислительных технологий, высокопроизводительных вычислений.

Для работы в этих направлениях Московский университет имеет давние традиции, мощные научные и преподавательские коллективы, возглавляемые учёными с мировой известностью. Современная модель филиала Московского университета является уникальной и не имеет аналогов в мировой образовательной практике.

Филиал является ключевым элементом Национального центра физики и математики, и внедрение инновационных образовательных программ позволит филиалу МГУ в Сарове стать одним из крупнейших центров науки и образования в России, а его выпускникам — интеллектуальной элитой России.